Начиная с версии 2.3 в программе FLProg добавлена поддержка плат Arduino DUE. Но в пакете ArduinoIDE поставляемом с программой по умолчанию не загружены пакеты для этой платы. Для загрузки данных пакетов необходимо один раз проделать следующие шаги.
При компиляции проекта после открытия окна ArduinoIDE открыть менеджер плат.
В менеджере плат выбрать пункт «Arduino SAM Boards (32-bits ARM Cortex-M3) by Arduino»
Нажать кнопку “Install”. После установки нажать кнопку “Close”.